Есть разные способы, многое зависит от от того, как именно хотите работать и с какими целями. Простейший вариант - создать копию Database.php с нужными настройками, и применять наряду со стандартным способом $this->db->query($query) также эту копию через $this->db2->query($query). Я так и сделал, н...